其进一步划分成两个亚目。
蛇蜥科(Anguidae):蛇蜥科有10~13属90~110多种,可以分成4个不同的亚科,两个亚科的成员四肢健全,另外两个则没有四肢而外形似蛇或蚯蚓。四肢健全的两个亚科为侧褶蜥亚科Gerrhonotinae和肢蛇蜥亚科Diploglossinae,均限于新大陆。侧褶蜥亚科有近40种,分布于加拿大西南部到美洲热带地区,其中在墨西哥和危地马拉种类最多。侧褶蜥为树栖或陆栖,树栖的成员有可以缠绕的尾。肢蛇蜥亚科有3属37种,其中很多种类生活于加勒比海诸岛,其它美洲热带地区也能见到。肢蛇蜥亚科成员多体型似石龙子,四肢细小,其中南美洲的缺肢蜥Ophiodes只有不发达的后肢,外貌与蛇蜥亚科的成员有些类似。蛇蜥亚科Anguinae是所有无足蜥蜴中最著名的,分布广泛,除了北美洲外,在欧亚大陆和非洲北部也能见到,是本科唯一可见于旧大陆的代表。蛇蜥亚科成员外形与蛇非常相似,但是有可以活动的眼睑,有耳洞,尾部可以自行截断。蛇蜥亚科中拥有本科体型最大的成员,其中棕脆蛇Ophiasuarus apodus身长可达1.4米。另一个无足的亚科是蠕蜥亚科Anniellidae,仅以分布于美洲加利福尼亚州的北蠕蜥Anniella pulchra和墨西哥加利福尼半岛的南Anniella geroniensis为代表。蠕蜥身体很小,穴居似蚯蚓,有活动的眼睑但没有耳洞。蠕蜥亚科常被升级为独立的科。
异蜥科(Xenosauridae):异蜥科包括北美洲的3~6种异蜥和我国的鳄蜥,近来夺趋向于将二者分列异蜥科和鳄蜥科,它们均为中等体型,身上有似鳄的鳞甲,卵胎生。异蜥分布于墨西哥到危地马拉一带,适应多种生存环境,鳄蜥仅产于我国广西部分地区,半水栖性。
毒蜥科(Helodermatidae):毒蜥科包括北美洲的两种毒蜥,即美国西南部到墨西哥西北部的钝尾毒蜥Heloderma suspectum和分布于墨西哥到危地马拉太平洋沿岸的珠毒蜥Heloderma horridum,它们是现存仅有的有毒蜥蜴,与毒蛇不同,毒蜥的毒牙不是在上颌而是在下颌。珠毒蜥体长可达1米,生活于热带落叶林或灌丛地带,钝尾毒蜥体型几乎要小一半,生活于荒漠和干草原。毒蜥都是行动缓慢的肉食动物,主要食洞穴中的幼鼠,也食鸟蛋等其它多种食物。
毒蜥属(Heloderma):蜥蜴目毒蜥科唯一的1属。体粗尾短,外形笨拙,体表华丽,在黄色或橙色的背景上具暗色的网纹。头部略扁,背面和四肢外侧被有大的骨板。有2种:毒蜥分布于美国西南部,全长多在500毫米左右;珠毒蜥分布于墨西哥,全长达900毫米。本属颈椎8枚。无颞弓,只有少数腭骨齿和翼骨齿。以小型哺乳动物、他种蜥蜴以及鸟和爬行动物的卵为食。7月交配,7月末到8月中在开阔地带挖掘深约125毫米的洞穴,然后在穴中产卵3~7枚,卵径(67~75)×(33~39)毫米,白色,壳薄而粗糙。孵化期28~30天。毒蜥的下颌有毒腺,毒液通过导管注入口腔,再经毒牙的沟注入被毒蜥咬住的伤口内。人被毒蜥咬伤有痛感,但极少致命。
婆罗蜥科(Lanthanotidae):婆罗蜥科又称拟毒蜥科,仅以婆罗州的婆罗蜥或称拟毒蜥Lanthanotus borneensis为代表。婆罗蜥科介于毒蜥科和巨蜥科之间,而外表则略似异蜥科成员。婆罗蜥没有耳洞,半穴居性,生活于婆罗州沙捞越的河岸森林中,目前人们对其所之甚少。
巨蜥科(Varanidae):巨蜥科有1属34~56种,主要分布于大洋洲,夜间于非洲和亚洲热带地区。巨蜥科包括现存体型最大的蜥蜴,其中最著名的是分布于印度尼西亚小巽他群岛部分岛屿的科莫多巨蜥Varanus komododensis,身长可超过3米,重达165公斤,新几内亚岛的黄点巨蜥Varanus salvadorii有长达5米的不可靠纪录,但可靠纪录不到3米,黄点巨蜥身材远比科莫多巨蜥消瘦,同样身长重量要轻很多。巨蜥科也有些小型种类,如澳洲的短尾巨蜥Varanus brevicauda头体长仅12厘米。巨蜥都食动物性食物,其中最大的科莫多巨蜥可以捕食大型的哺乳动物,小型的种类则以昆虫为主食,其它很多巨蜥食性广泛,包括腐肉、鸟蛋和各种能捕到的小动物。
巨蜥属(Varanus):蜥蜴目巨蜥科仅有的1属。躯干粗壮,四肢发达,且具锐爪。头相对较小,吻略长。尾长,侧扁。肌肉丰富为强有力的自卫武器。通身被覆粗大的颗粒状鳞片。骨板退化或缺如。约30种,分布于非洲、亚洲南部到澳大利亚。除产于澳大利亚的短尾巨蜥全长仅20厘米左右外,其余均为大型,最大的产于印度尼西亚的科莫多巨蜥全长达4米。这类大型蜥蜴常被误认是鳄类。巨蜥上颞弓完整,无腭骨齿或翼骨
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